Büyük bir elektronik mağazasında çalışan sıradan bir genç iken doğum gününde eski üniversite arkadaşından aldığı bir e-mail ile hükümetin ve CIA’in paylaşamadığı bir ajana dönüşen “Chuck” ikinci sezon bölümleriyle CNBC-e ekranına geri döndü. Dünyanın en sevimli çakma ajanı Chuck yeni bölümlerde artık sadece harici düşmanlara karşı değil, dahili bedbahtlarla da savaşmak zorunda.

Chuck biyoloji konferansında kendisinden ayrıldıktan sonra Bryce Larkin’le çıkmaya başlayan eski kız arkadaşı Jill’e rastlar. Jill’in patronu Guy Lafleur’ün biyokimyasal silah üretimi yaptığından şüphelenilmektedir. Dolayısıyla Lafleur hakkında bilgi toplaması için Chuck’a tekrar Jill’le yakınlaşması emri verilir. Bu arada Emmett tüm ekibin ilk yardım eğitimi almasını istemektedir.